Hallo Veit,
Von der Batterie nur das Pluskabel nach hinten legen, eine Durchführung ist hinter/ unter dem Luftfilterkasten vorhanden!!!
Das Minuskabel im Kofferraum unter einer Schraube mit Masse/Karosserie verbinden, hat den Vorteil das Störsignale gar nicht erst entstehen 
Das Pluskabel am besten entlang den Hollmen an der Fahrerseite verlegen, die Signal-Kabel an der Beifahrerseite!!!
Immer Spannungskabel und Signalkabel getrennt verlegen, dadurch werden Störungen vermieden 
Tip, lege die Lautsprecherkabel bis an den Iso stecker und verbinde diese mit dem entsprechendem gegenstück!!!
Warum??? Die Kabel bis in die Türen zu bekommen ist extrem Aufwändig und macht mal so rein gar keinen Spaß!!!
Vielleicht brauchst du gar nicht trennen. Bei mir waren z.B. in der A-Säule gar keine Hochtöner vorhanden.....
Dann muss ohnehin am Amp getrennt oder eine separate Endstufe für die HT eingebaut werden. Ich fahre vollaktiv mit einem Bit10 und 3 Endstufen. Achtung auf den Hochpassfilter, sonst rauchts aus der A-Säule 
.
hm
N foto wäre mal toll veit888 